Türk bilim insanından Kovid-19 ilaç araştırmalarına katkı sağlayacak proje

İstanbul Teknik Üniversitesi (İTÜ) Makina Fakültesi Dekan Yardımcısı ve Makina Mühendisliği Bölümü Dr. Öğretim Üyesi Mert Gür, Corona virüsle mücadele kapsamında ABD Beyaz Saray Bilim ve Teknoloji Politikası Ofisi, ABD Enerji Bakanlığı ve IBM ortaklığı ile açılan proje çağrısına, UC Berkeley Üniversitesi aracılığıyla "Moleküler Dinamik Simülasyonları Kullanarak SARS-CoV-2 Spike Glikoproteininin Hücreye Bağlanma ve Füzyon Mekanizmasının Araştırılması" başlıklı projesiyle katıldı.

İTÜ Ulusal Yüksek Başarımlı Hesap Merkezinin (UHeM) öz kaynaklarını kullanarak projenin yürütücülüğünü üstlenen Gür, bu çalışmayla Corona virüsün insan hücrelerine bağlanmasını sağlayan proteininin henüz tüm detaylarıyla bilinmeyen aktifleşme mekanizmasını moleküler dinamik simülasyonları ile modelledi. Gür'ün uluslararası modelleme projesine, başvurusundan 2 gün sonra ABD'den destek geldi.

2016'da Türkiye Bilimler Akademisince (TÜBA) Üstün Başarılı Genç Bilim İnsanı Ödülü'ne layık görülen Gür, bu projeyle Corona virüsle mücadele kapsamında uluslararası düzeyde yapılan ilaç araştırmalarına katkı sağlamayı hedefliyor.

Corona virüsün üzerindeki spike proteinin işlev mekanizması aydınlatılıyor

İTÜ Makina Mühendisliği Dr. Öğretim Üyesi Mert Gür, AA muhabirine yaptığı açıklamada, dünyada koronavirüs vakaları ve ölümlerinin katlanarak arttığını, dünyanın her yerinde araştırma çalışmaları gerçekleştirilmesine rağmen koronavirüse karşı etkili bir ilacın henüz geliştirilmediğini, acil olarak yeni ve özgün etki mekanizmalarına sahip ilaçların geliştirilmesine ihtiyaç olduğunu belirtti.

Corona virüsün temel olarak etrafı zarla çevrili bir kesecik olarak düşünülebileceğini ve bu keseciğin üstünde "spike proteini" denilen bir protein bulunduğunu aktaran Gür, insan hücrelerinin zarının yüzeyinde ise "ACE2" denilen bir reseptör proteininin bulunduğunu, anahtarın kilide uyması ve bu sayede kapının açılması gibi, koronavirüsün spike proteininin de insan hücrelerinin ACE2 proteinine bağlandığını ve virüsün hücreye girişini sağladığını anlattı.

Bu sürecin üç adımda özetlenebileceğini ifade eden Mert Gür, şu bilgileri verdi:

"İlk olarak, spike proteinin ACE2'ye bağlanması ile virüs insan hücresine tutunmuş oluyor. Tutunduktan sonra ise spike proteini mekanik hareketler gerçekleştirerek virüsün ve insan hücresinin zarlarını birleştirir. Zarlar birleşince, keseciğin içinin bir yere boşaltılması gibi, virüsün içinde olan genetik materyali insan hücresine boşaltılmaktadır. Böylece insan hücreleri enfekte olmakta ve hastalığa sebep olmaktadır. Spike proteinin bu karmaşık işlev mekanizması henüz tüm detayları ile bilinmemektedir. Bu ise yeni ve özgün etki mekanizmalarına sahip ilaçların geliştirilmesine engel olmaktadır. Spike proteinin işlev mekanizmasın tümüyle aydınlatılması durumunda protein işlevini durdurup hastalığa engel olabilecek özgün ve yeni ilaç tasarımları mümkün olacak. Bu ihtiyaç üzerine proje ekibimiz, dünyanın en ileri simülasyon ve modelleme tekniklerini kullanarak spike protein çalışma mekanizmasını tüm detayları ile aydınlatma amacıyla araştırma çalışmalarına başlamıştır."